南京市中心医院肾内科目前分为肾内科门诊及血液净化中心两部分。拥有两名肾内科专业毕业研究生，一名为副主任医师、一名主治医师。对慢性肾脏病早期筛查、诊断治疗，复杂性尿路感染、糖尿病肾病、高血压肾损害、高尿酸性肾病、以及同时伴发心血管疾病的慢性肾脏病等具有丰富的临床诊治经验。

血液净化中心是肾内科重点特色项目，目前拥有12台进口血液透析机和3台血液透析滤过机，常年开展血液透析、血液透析滤过，高通量血液透析、血液滤过、血液灌流、连续性肾脏替代治疗、等血液净化治疗项目。血液净化中心注重每位透析患者的治疗质量，根据每位透析患者的病情制定个体化治疗方案。对肾性贫血、营养不良、钙磷代谢异常、继发性甲旁亢等透析患者常见并发症的治疗达标率，均居于江苏省各医院前列，在江苏省对全省血液净化中心资质进行重新复核过程中，我们血液净化中心为免检单位。尤其是透析充分性评估、白蛋白达标率高达95%以上，极大的提高了患者的生活质量，延长了患者生存时间。先后获得南京市“用户满意服务明星班组”称号，玄武区“三八红旗”集体称号，多次获得“医院先进集体”称号。